Pierwsze źródłowe informacje o Pawlikowicach pochodzą z "Liber beneficiorum dioecesis Cracoyiensis" (1450 - 1480) ojca polskiej historiografii, kanonika krakowskiego, ks. Jana Długosza, który zanotował, iż przynależały one do parafii św. Klemensa w Wieliczce. Ówczesnym ich właścicielem był Stanisław Klempa, herbu Strzemię, do którego należała także wieś Gorzków. Od 1537 r. Pawlikowice, obok Raciborska, stanowiły gniazdo rodowe magnackiej rodziny Morsztynów (Morstinów), wywodzącej się z mieszczan krakowskich, jej pierwsi przedstawiciele przybyli po Wawel z Niemiec pod koniec XIV w. Od połowy wieku następnego aż do roku 1617 Morsztynowie piastowali, przez kilka pokoleń, urząd bachmistrza (góromistrza) w kopalni soli w Wieliczce. Dzięki temu dorobili się majątku, szlachectwa i wielkiego znaczenia w Rzeczypospolitej. Byli gorliwymi wyznawcami kalwinizmu, a później aktywnie wspierali arian - odłam protestanckich kalwinów, którzy nazywali siebie "braćmi polskimi". Arianie - by użyć określenia II Soboru Watykańskiego - "bracia odłączeni w wierze" odrzucali niektóre dogmaty katolickie i autorytet papieża, ale na gruncie społecznym głosili hasła postępowe, m. in. potępiali pańszczyznę, poddaństwo i karę śmierci. Morsztynowie w swych dobrach pod Wieliczką: w Pawlikowicach, Raciborska i Gorzkowie założyli zbory wyznaniowe - domy modlitwy.



Zaprzyjaźniony z nimi Faust Socin - główny teoretyk arianizmu w Polsce, w 1579 r. ożenił się z Elżbietą Morsztynówną, a w latach 1583 -1598 osiadł w pawlikowickim majątku swego szwagra, Krzysztofa Morsztyna. W 1658 r. sejm polski potępił arian za ich religijny i społeczny radykalizm. Większość z nich wyrzekła się swoich błędów i powróciła na łono Kościoła Katolickiego. Również i właściciele Pawlikowic - Władysław i Barbara Morsztynowie, po publicznej dyspucie między katolikami a arianami w 1660 r. na zamku Jana Wielopolskiego w Rożnowie, przeszli na katolicyzm. Po swoim nawróceniu, w akcie ekspiacji, dziedzic Pawlikowic zbudował przy kościele parafialnym w Wieliczce kaplicę, noszącą do dziś nazwę "kaplicy Morsztynów", a jego potomkowie byli dobroczyńcami wielu kościołów na ziemi krakowskiej. Pawlikowice były w posiadaniu Morsztynów aż do początku XVIII w., później ich właścicielami byli kolejno- Blankensteinowie, Monkulscy i Miętuszewscy. Po śmierci ostatniego dziedzica Pawlikowic, Feliksa Grohsa, w 1897 r., podupadły i zadłużony majątek stał się własnością Kasy Oszczędności miasta Wieliczki.